本臺創設於民國四十四年九月，最初僅架設多向導航設備VOR。
民國五十七年五月增設距離測定裝備DME。
民國六十四年七月大屯山陸空通信遙控設備臺與本臺合併。
民國六十七年四月再增設無指向性無線信標裝備NDB。
民國七十六年三月換裝UHF陸空通信裝備。
民國八十一年十月換裝VHF陸空通信裝備。
民國八十三年五月換裝數位微波系統。
民國八十七年換裝NDB助航裝備。
民國八十八年換裝VOR/DME助航裝備。
民國九十二年十月換裝數位微波系統。
民國九十三年八月增設通信機房至VOR機房之光纖傳輸設備。
民國九十三年九月增購VHF及UHF收發射機共九套。

提供飛航情報區內北部區段各航路導航信號。
負責中繼翔安區管中心、桃園國際機場及台北松山機場之間的資訊傳輸。
提供區管中心、臺北近場臺及松山塔臺各席位之飛航管制，與通信中心陸空通信室對各航空器之陸空通信。

通信設備：
   (一)、數位微波三套

助航設備：
   (二)、助導航設備：VOR、DME、NDB各一套。

◆外信標台（Outer Marker)：信標台架設於跑道中心延伸線上，提供航機離跑道距離的資訊。

  ◆太康台（TACAN）：TACAN發射機負責提供軍機穿降及航路方位距離之測定

 ◆HF發射機：助航台內設有HF發射機四套（HARRIS、SUNAIR、REDIFON、R/S），提供航機長程通信任務

民用航空局自民國89年3月1日起派駐航電人員2人，參與航路雷達系統架設及驗測，於民國90年1月10日正式啟用，提供資管中心航管自動化系統之雷達航機資訊服務，提高區管中心北部席位之飛航服務品質與水準，復於民國90年起陸續架設多套VHF陸空通訊裝備。

民用航空局自民國82年3月於金門完成架設助航設施同年9月16日正式啟用並成立金門助航臺，復於民國89年1月3日起接管軍方金門尚義機場塔台並陸續派駐管制、航空氣象人員提供W6航路飛航管制服務。

金門助航臺負責維護金門尚義機場各項助導航設備包含
助航燈光：跑、滑道邊燈、迴轉坪邊燈、進場燈、跑道頭末端燈、仟呎牌燈、指示牌燈、PAPI及高亮度障礙燈等各助航燈光設備。

導航設備：儀降系統(ILS)、歸航台(NDB)、測距儀(DME)、多點定位(MLAT)、增強型管制工作站(X-AIRCON)提供航機定位導航及監視信號。

通信設備：陸空通信（無線電）飛航管制使用之陸空及平面語音通信系統(DVCSS)、氣象設備06/24跑道風速風向儀、雲高儀、能見度儀、跑道視程儀、溫度露點儀、雨量計及夜視風向袋等提供氣象人員觀測參考。

民用航空局自民國83年1月17日起接管軍方馬祖塔臺並派駐管制及航電人員，提供飛航管制服務，復於民國85年7月1日派駐航空氣象人員，提供北竿機場天氣測報服務。為提昇北竿機場之飛航服務品質與水準，於民國88年11月20日啟用新管制塔臺。

提供馬祖北竿機場地面助、導航設施之正常運作，並負責裝備之架設、運用及維護，以達飛航安全及空運便利。

北竿助航臺負責維護北竿機場各項助導航設備包含：
助航燈光：跑道頭閃光識別燈、跑道頭燈及末端燈、滑行道燈、仟呎牌燈、指示牌燈、APAPI及障礙燈等各助航燈光設備。

導航設備：歸航台(NDB)、測距儀(DME)提供航機定位導航信號通信設備：陸空通信（無線電）及飛航管制使用之陸空及平面語音通信系統(DVCSS)

氣象設備：03/21跑道風速風向儀、雲高儀、溫度露點儀、雨量計及風向袋等提供氣象人員觀測參考。

馬祖南竿機場於九十二年元二十三日正式啟用，當時助航臺各項業務歸屬馬祖助航臺(現馬祖北竿助航臺前身)所管轄，至九十二年四月一日南、北竿始分別成立馬祖南竿助航臺及馬祖北竿助航臺。馬祖南竿助航臺設施計有航路助航設備(DME、NDB)、通信系統(DVCSS、無線電機及錄音系統)、助航燈光系統(機場跑道助航燈光)等等。

一、負責維護航空器進入馬祖地區(含北竿、莒光及東引地區)所需相關方位及距離之信號設施(NDB、DME)，提供南竿機場目視飛行服務，引導航機在能見度5000公尺以上時進場降落。
二、負責維護南竿塔台118.55MHz、121.5MHZ243MHz、236.6MHz及區管中心遠端遙控(RCAG)125.5MHz五個陸空通信波道及保持塔台對北竿、東引戰管(CRP)、區管中心航管通信系統(DVCSS)暢通。
三、負責督導維護南竿機場跑道助航燈光之正常運作(如跑道邊燈、PAPI、REIL、高亮度障礙燈及直昇機坪邊燈等等)。
四、負責維護南竿機場氣象設備，以提供飛行本地區航空器所需確實氣象資訊。
五、負責南竿機場塔台各單位(氣象、管制、航電)行政管理、後勤補給公務。
六、六、上級臨時交辦事項。