飛航服務總臺組織條例於民國八十七年六月二十六日正式經立法院通過，同時配合階段性政府改造政策，原供應庫單位名稱更改為供應室；分設財物及採購兩課，業務除原有財產帳務管理業務外，並將原由技術室負責之設備及器材採購業務轉移本室（採購課）辦理（於88年5月1日接管器材採購；88年10月1日接管設備採購），以維需求規格與採購業務分開，獨立承辦專業採購，以提高行政效率並預防弊端發生，為達上述工作需要，人力編制增加副主任一名、課長二名及專員三名，並應業務需要增置採購行政人員一名。