交通部民用航空局飛航服務總臺依據交通部民用航空局組織法第5條規定設立，考量組織規模員額、工作類別及任務繁重特性，設立19個一級單位、59個二級單位(17個課及42個臺)，分別掌理設備維護、航空氣象、飛航情報、航空通信、飛航管制及行政業務等六大領域。一級單位設置情形如下：
業務單位(15個)
飛航業務室、航電技術室、安全計畫室、系統發展室、供應室、臺北區域管制中心、臺北近場管制塔臺、高雄近場管制塔臺、臺北飛航情報中心、臺北航空通信中心、臺北航空氣象中心、資訊管理中心、臺北裝修區臺、桃園裝修區臺、高雄裝修區臺
輔助單位(4個)
秘書室、人事室、主計室、政風室
現行飛航服務總臺組織規程，係於民國112年9月15日生效，編制員額為1,099人，近年預算員額如下：
| 年度 | 預算員額 |
|---|---|
| 101年 | 905人 |
| 102年 | 902人 |
| 103年 | 901人 |
| 104年 | 901人 |
| 105年 | 933人 |
| 106年 | 915人 |
| 107年 | 912人 |
| 108年 | 908人 |
| 109年 | 946人 |
| 110年 | 986人 |
| 111年 | 1024人 |
| 112年 | 1050人 |
| 113年 | 1075人 |
| 114年 | 1067人 |
