交通部民用航空局飛航服務總臺依據交通部民用航空局組織法第5條規定設立，考量組織規模、員額、工作類別及任務繁重特性，設立19個一級單位、59個二級單位，分別掌理設備維護、航空氣象、飛航情報、航空通信、飛航管制及行政業務等六大領域。現行飛航服務總臺組織規程，係於民國112年9月15日施行。
其中一級單位包括飛航業務室、航電技術室、安全計畫室、系統發展室、供應室、臺北區域管制中心、臺北近場管制塔臺、高雄近場管制塔臺、臺北飛航情報中心、臺北航空通信中心、臺北航空氣象中心、資訊管理中心、臺北裝修區臺、桃園裝修區臺、高雄裝修區臺等15個業務單位，秘書室、人事室、主計室、政風室4個輔助單位；二級單位則包含17個課及42個臺。
19個一級單位
59個二級單位
飛航服務總臺各單位分佈圖
1. 總臺本部
總臺長室、飛航業務室、航電技術室、安全計畫室、系統發展室、供應室、秘書室、人事室、主計室、政風室
2. 北部飛航服務園區
臺北區域管制中心、臺北近場管制塔臺、臺北航空氣象中心、臺北飛航情報中心、臺北航空通信中心、資訊管理中心
3. 南部飛航服務園區
高雄裝修區臺、高雄近場管制塔臺
A
大屯山助航臺
B
臺北飛航諮詢臺
C
臺北裝修區臺
松山機場管制臺
松山航空氣象臺
D
馬祖助航臺
馬祖南、北竿機場管制臺
馬祖南、北竿航空氣象臺
E
桃園裝修區臺
臺北機場管制臺
桃園航空氣象臺
桃園飛航諮詢臺
F
金門助航臺
金門機場管制臺
金門航空氣象臺
G
後龍助航臺
H
清泉崗助航臺
I
馬公助航臺
馬公機場管制臺
J
嘉義助航臺
K
臺南助航臺
L
高雄機場管制臺
高雄航空氣象臺
高雄飛航諮詢臺
M
恆春助航臺
恆春機場管制臺
恆春航空氣象臺
N
蘭嶼助航臺
蘭嶼機場管制臺
蘭嶼航空氣象臺
O
綠島助航臺
綠島機場管制臺
綠島航空氣象臺
P
臺東助航臺
豐年機場管制臺
豐年航空氣象臺
Q
花蓮助航臺
R
三貂角雷達臺
